1、宅基地边界不清，存在纠纷的

在农村，宅基地纠纷问题比较多，引发了很多村民矛盾，其中有些矛盾的起因时间较久，甚至可能要回溯到好几辈之前。有人说，农村宅基地的特点是分布错综复杂、面积大小不一、纠纷连绵不断。因此，宅基地确权十分复杂，本着照顾大多数的原则，对于截止到目前，宅基地仍然存在边界问题的，可能将暂时不予确权，等边界问题解决后，再进行确权。

2、宅基地面积超标，超过规定面积的

这种情况在农村也十分常见，虽然各地都对宅基地面积做出了一些规定和限制。但有些宅基地是祖祖辈辈传下来的，那时候可没有那么多限制，这就导致有些宅基地面积非常大，但由于是历史原因形成的，这次土地确权可以正常确权。根据规定，在1987年土地管理法颁布后形成的面积超标的宅基地，超标部分则无法进行确权。具体处理措施各地不一，有些地方先在确权书中注明超标面积，下次分宅基地时核减;有些地方主张宅基地多出的部分，在责任田中减掉;有些地方则认为，多出的部分应该进行收费使用，具体情况请农民留意当地规定。

3、违建房屋

这几年，随着农村经济的发展和城镇化的快速推进，很多农村被划入开发区、新区，并入城市。另外，各地都在不断的进行修高铁、公路等基础设施建设。这就导致每年都有大量村庄被拆迁，所以，近几年农村的违建房屋大量增加。大家的想法是想多盖几间房，到时候多拿点补偿。这种情况在这次土地确权中肯定无法被确权，不断无法确权，可能还会面临拆除的风险。