税务机关应根据纳税人具体情况，对核定征收企业所得税的纳税人，核定应税所得率或者核定应纳所得税额。

采用应税所得率方式核定征收企业所得税的，应纳所得税额计算公式如下：

应纳所得税额=应纳税所得额×适用税率

应纳税所得额=应税收入额×应税所得率

或：应纳税所得额=成本(费用)支出额÷(1-应税所得率)×应税所得率

税务机关对纳税人实施核定征收企业所得税，对纳税人来说就意味着按收入乘以“附征率”。假如对当地某行业的应税所得率确定为10%，就等于“附征率”为2.5%。因此，无论是税务机关，还是纳税人，对核定征收企业所得税的企业，只要将计税收入判定正确，就不会出现问题。

《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》(国税函〔2009〕377号)规定，“应税收入额”等于收入总额减去不征税收入和免税收入后的余额。其中，收入总额为企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入。

关于核定征收企业所得税的企业确定收入问题，企业所得税法实施条例第十二条至二十五条规定得十分详细，这里不再赘述。但要说明的是，如权益性投资收益，虽然是收入总额组成部分，但它属于“免税收入”，应当减除;如果取得财政性资金，首先要按《财政部、国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税﹝2011﹞70号)文件进行判定，如果满足该文件规定的条件，属于“不征税收入”的，也要减除。如果不满足条件，则属于计税收入。

现在有些核定征收企业所得税的企业进行“营改增”，在缴纳增值税时，对小规模纳税人按3%的税率缴纳增值税，计算方法为销售额=含税销售额÷(1+征收率)，这时，产生的增值税税额已经不包含在收入中，所以，在核定征收企业所得税计算收入中，应不包含增值税额。

另外，对小微企业月收入不达2万元免增值税，《财政部关于小微企业免征增值税和营业税的会计处理规定》(财会〔2013〕24号)规定，小微企业在取得销售收入时，应当按照税法的规定计算应交增值税，并确认为应交税费，在达到《财政部、国家税务总局关于暂免征收部分小微企业增值税和营业税的通知》(财税〔2013〕52号)规定的免征增值税条件时，将有关应交增值税转入当期营业外收入。核定征收企业所得税的收入应包含这部分营业外收入中的增值税。可判定为“补贴收入”，也可以判定为不满足条件的“财政资金”。

核定征收企业所得税的企业处置固定资产时有“处置收入”，还有“净收入”的确认计税收入，企业所得税法实施条例第十六条规定，所称转让财产收入，指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权和债权等财产取得的收入。从这个角度分析，核定征收企业所得税的企业如果处置固定资产，应以处置收入作为计税收入。